Windchaser kombiniert in einem innovativen Genre-Mix 3-D-Echtzeit-Taktik mit einer tiefgreifenden storybasierten Kampagne, vielen Fantasy-Rollenspielelementen und einer Prise Strategie in Form eines mobilen Hauptquartiers. Gemeinsam mit der Besatzung des Luft-Segelschiffes Windchaser greift der Spieler zu Schwert und Magie, um gegen zahllose menschliche Widersacher, Monster und eine uralte, wiederauferstandene böse Macht zu kämpfen. Nur der Held Ioan, seine temperamentvolle Freundin Shara und der alte Soldat Caine können die Fantasywelt Ensai vor der sicheren Apokalypse retten. Vor langer Zeit legte ein verheerender Krieg die industrielle Hochkultur von Ensai und all ihre Errungenschaften in Schutt und Asche. Fast alles Wissen ging durch den sogenannten „Weltenbrand“ verloren. Eine Waffe von unvorstellbarer Zerstörungskraft fegte über die Welt hinweg. Nur mühsam bauten die wenigen Überlebenden, in Abkehr von der alten Welt, eine naturverbunden-spirituelle, von Gilden geprägte Gesellschaft auf. Dabei nutzten sie die wiederentdeckten technischen Artefakte aus der Zeit vor dem „Weltenbrand“, die ihnen noch heute wie mächtige Magie vorkommen.
Der Spieler übernimmt mit dem Helden Ioan das Kommando über die „Windchaser“, eines der mächtigen Luft-Segelschiffe, die den Gilden als mobile Basen dienen. An Bord der „Windchaser“ trainiert der Spieler neue Mitstreiter, die mit gewonnener Kampferfahrung in unterschiedlichen Charakterklassen stufenweise aufsteigen. Drei verschiedene Kampfstile erlauben es, je nach Gegner und Situation die jeweils beste Taktik in Gruppenkämpfen einzuschlagen.