Mitte des 26. Jahrhunderts haben die Menschen das Universum erobert und zahllose neue Welten erschlossen, doch das Leben im All erforderte einiges an Anpassung. Die für diese Bedingungen kybernetisch veränderten Tyi und die biogenetisch hochgezüchteten Geniden sind ihren Schöpfern entwachsen und zu neuen herrschenden Rassen aufgestiegen. Ihr kompromissloses Streben nach der Vorherrschaft im All führt die Menschheit in die Machtsphäre einer uralten außerirdischen Lebensform, die keine kosmische Zivilisation neben sich duldet. Im Kampf gegen die übermächtige Bedrohung, steht der Spieler zu Beginn vor der wichtigen Entscheidung welcher der beiden verfeindeten Fraktionen er sich anschließt und die Menschheit rettet.
Im faszinierenden Science-Fiction-Universum von „Black Prophecy“ erwartet den Spieler ab Herbst 2008 ein vielschichtiges Online-Universum mit filmreifen Weltraumschlachten, in dem er als Raumschiff-Pilot allein, im Clan oder Flottenverband antritt, um politischen Konflikten zu trotzen und sich im existenzbedrohenden Krieg gegen die Aliens zu behaupten. Seine Suche nach deren Heimatwelt und ihrem dunklen Geheimnis wird zu einem Wettlauf um das Überleben aller menschlichen Rassen.